Kalocsa körülbelül egyidős a magyar állammal. A honfoglalás után Árpád fejedelem szálláshelye volt, egyes kutatások azt igazolják, hogy Gézáig ez a település volt a fejedelmek székhelye. Később az uralkodói központ Fehérvárba és Esztergomba költözött, de első felkent királyunk számára Kalocsa továbbra is fontos maradt. Ennek bizonyítéka, hogy az elsők között hozott itt létre magyar püspökséget és a közeli Halom dombján királyi kúria is volt. Az első egyházfő Asztrik volt, aki a koronát hozta Istvánnak. A nemes feladat véghezvitele után az egyházmegye érseki rangra emelkedett, ezzel Esztergommal azonos, nagy hatalmú érsekséggé vált, természetesen tiszteletben tartva, hogy a magyar egyház központja az előbbi városban van. Az egyházmegye fejlődésével párhuzamosan Kalocsai is az ország egyik vezető városává nőtte ki magát. Felépült az első székesegyház és a növekvő állam hódításain létrehozott új egyházmegyék is Kalocsa érseki tartományához kerültek, így tovább gyarapítva a helyi metropolita hatalmát és tekintélyét. A város a korabeli Fejér megye területén feküdt, ez volt az egyetlen egyházi központ, mely nem volt egy külön megye központja is, ennek ellenére a 12. századtól a kalocsai érsekek Bács és Bodrog vármegye állandó ispánjai lettek. Szent László király az érsekség központját megosztotta és Bács várába költözött az érsek is. Eleinte ez a már helyi szinten nagyvárosnak számító Kalocsának nagyobb fejlődésbeli gondokat is okozott, de Kálmán idejére visszaköltözött a káptalan és az egyházfő is inkább itt tartózkodott, melynek eredményeképp felépült a második kalocsai székesegyház. Az új épületet ereklyék és a legmodernebb korabeli építészeti bravúrok tették híressé.
A későbbi érsekek közül Csák Ugrin (érsek 1219 és 1241 között) a tatárok ellen harcolt, Tomori Pál pedig 1526-ban a magyar hadakat vezette a mohácsi csatában. Mindketten elestek.
A törökök 1529. augusztus 15-én foglalták el Kalocsát, és teljes egészében lerombolták a várost. A lakók elmenekültek, Kalocsa veszített jelentőségéből. 1602-ben a kálvinista hajdúk rombolták le a várost. Ezután (1602-ben) csak az érseki palotát állították helyre. A törökök 1686. október 13-án hagyták el a várost, és felégették a várát.
Az elkövetkezendő időkben Kalocsa lassan fejlődött. 1875-ben nagy tűzvész pusztított, a vasútvonal pedig a fejlődés szempontjából későn, 1882-ben érte el a várost. Kalocsa az érsek földesúri uralma alatt álló mezőváros volt, 1871 után nagyközséggé alakult, majd 1921-től rendezett tanácsú város lett. Kulturális jelentőségét azonban az érsekeknek köszönhetően mindvégig megőrizte. Az ipari fejlődés az 1960-as években indult meg.
A 20. század elejétől híres fűszerpaprika-feldolgozásáról. A fűszerpaprika-nemesítés a világon elsőként 1917-ben Magyarországon, Kalocsán indult meg, itt létesült a világ első paprikakísérleti állomása. Népművészete (virágos pingálás, hímzés) és bortermelése is híres. 2002 óta termálfürdő működik a városban. A városban működik a Kalocsai Paprika Zrt., mely fűszerpaprika-őrleményt, savanyúságot, befőtteket és ételízesítőket gyárt.
A város északnyugati részén három település közigazgatásában található egy rendkívül jó adottságokkal rendelkező ipari park. A kiváló minőségű nyugati elkerülőútnak, valamint a teljesen felújított 51-es főútnak, továbbá az ipari parkot keresztül kiváló szelő helyi útnak köszönhetően adott a teherforgalom gyors áramlása, a helyi út mentén a teljes közművesítés megtörtént. Az ipari területen található egy volt katonai repülőtér, mely 2500×60 m-es betonozott kifutópályával rendelkezik. Ezentúl adott a felújított vasúti iparvágány, melyen rendszeresen közlekednek tehervonatok. Az övezettől mindössze 4 kilométerre található egy dunai teherhajó-kikötő, amitől pár méterre van a vasúti sín vége. Kalocsa, mint oktatási központ, teherhajózható folyam partján fekvő, minden irányból kiváló utakkal körülvett (az 51-es főút Kalocsától délre eső részének felújítása 2015-re készül el), teljesen felújított iparvágánnyal, repülőtérrel rendelkező város kiváló befektetési célpont lehet egy-egy nagyvállalatnak. A város vonzáskörzetében rengeteg a kényszerű munkanélküli. A város főiskolája illetve szakközépiskolája lehetővé tenné saját szakemberek képzését. Az önkormányzat nagy kedvezményeket ad a városban letelepülő vállalatoknak. Tervbe vettek egy a Kalocsa környékén épülő közúti/vasúti hidat is, melyet a várakozások szerint néhány éven belül elkezdhetnek építeni.
